原本仰賴魔女力量而發展文明的人類，在超產業革命期間，開始否定魔女的存在，大國利迪亞更是開始獵殺魔女。
少年阿德尼斯的養育之親兼最愛的魔女‧克蘿耶被皇帝殺死，自己也被囚禁，於是發誓要報復人類在一次魔女大鬧監獄時，阿德尼斯被放出來了……
自古以來被神送往人間並一直在幫助人類的魔女一族,因為超工業革命的發展變得對人類來說已不再是必要的存在,而是一種威脅。人類開始狩獵魔女以消除魔法的不科學力量。阿多尼斯是一個年輕的魔女學徒,當他眼睜睜的看著傾慕的魔女導師克洛伊被獵殺,痛恨這一切的他決心用所學到的魔法向人類宣誓報仇。
主要人物登場
阿多尼斯
本作的主角，黑髮紅瞳的十多歲少年。由魔女兼師傅的克洛伊所撫養長大。由於當時魔女為人類之敵，幼年的阿多尼斯便一同與克洛伊但仍能保持活潑開朗的性格，喜歡對克洛伊開各種玩笑，同時亦在每一次被追捕時渴望自己的魔法能夠幫助克洛伊。
後來不幸地和克洛伊一同在利迪亞帝國被人類逮捕，人類利用了魔法光子抑制裝置SDAM-2封鎖兩人的魔法，使他們無力還手。克洛伊便在阿多尼斯眼前被殺，而阿多尼斯成為了利迪亞帝國危險等級SS、被永久禁閉的特殊人犯—— 魔女的徒弟阿多尼斯。
被禁閉的十年後，因魔女多羅卡逃離監獄時被無意中放了出來，奪回克洛伊送他的特製羽毛筆發起了襲擊和復仇，殺害了大量無辜的人，卻因不敵人類兵隊的人數而慘敗，多羅卡亦因此而死。後來被魔女安娜拯救，前往了位於月球的新·魔女之國，天啟的魔女奧菲莉亞·克萊門汀提出可以復活克洛伊，並說服阿多尼斯協助她們。然而阿多尼斯早已從多羅卡口中知曉奧菲利亞的真正目的——利用克洛伊製造大量羽毛筆，向人類發動戰爭，由於愛慕之人被他人意圖利用，阿多尼斯以身上被人類嵌入的微型追蹤器，同時利用人類與魔女，使魔女之國和幾個人類部隊的滅亡。
魔女之國一事後，與復活的多羅卡回到地球，被廢土平原的感染者拯救。在遇上沙地的老人後出發到都市國家馬姆塔。到達目的地後被利迪亞帝國諜報局局長白兔發現，阿多尼斯因此重傷，千鈞一髮之際靠著多羅卡的愛之魔法，藉此發動克洛伊的魔法“絕對零度”險勝。
為治療多羅卡的雙眼，決定前往擁有再生醫療技術的醫療國。
克洛伊被殺後，性格變得沉穩，不拘言笑，對他人保持一定的戒心，十分自私與忠於自我;更仇恨同族的人類，並表示必定會毀滅人類以完成復仇，因此屠殺了大量人類。唯對於所愛和所重視之人格外珍惜和溫柔對待和對毫無價值的人不會動手。極度愛慕克洛伊，認為她的命比任何人都高貴，但在多羅卡使出“愛之魔法”後，對多羅卡的好感因此上升。
擁有隻有克洛伊能創造的羽毛筆，持有時能發動“書寫式魔法”(記述式召喚魔法)，即是將魔法運行方法理論、系統化，再用特製的羽毛筆 達到公式化的術式。截至目前，是作品中唯一一個可以使用魔法的人類。
多羅卡
本作的女主角。粉發藍瞳的魔女，性格天真，善良純潔，能夠為了他人不惜犧牲自己，仰慕並渴望著人類能與魔女和平相處。
十年前，姐姐安娜因保護多羅卡而死，多羅卡也因此逃亡至奧菲利亞所在的小鎮。
原為利迪亞首都Nightmare 第七管制區‘殘害’俘虜收容所中所囚禁的奴隸，與同在收容所的安娜交好。曾代替安娜與收容所看守長奔波霸見面，在被命令成為性奴隸後發起了反抗，將各奴隸和阿多尼斯從牢中放了出來。實際上是為了拯救阿多尼斯而偽裝成人類奴隸潛入利迪亞帝國，因此在阿多尼斯進行殺戮時非常自責，決定製止阿多尼斯，更向他說了復活克洛伊一事，卻不幸被首都警備局的阿考特槍殺。
在阿多尼斯到達新•魔女之國後利用生命之樹復活，因被捲入在魔女之國人與魔女的戰爭，使用愛之魔法束縛著攻擊魔女和阿多尼斯的士兵，試圖用言語說服他們停止討伐，但仍無法阻止阿多尼斯殺死保安局局長大和與其部隊。
利用大和的權限與阿多尼斯一同回到地球后被廢土平原的感染者拯救。被感染者老大拳頭激勵，決定要保護阿多尼斯不讓他死掉，因此騎著完全不會駕駛的摩托車前往尋找早已自行離開的阿多尼斯。
再度同行後，出發到都市國家馬姆塔。隨後在馬姆塔被白兔發現，眼球被其奪去，阿多尼斯也因此受重傷，千鈞一髮之際發動愛之魔法治療和操控阿多尼斯，讓他發動“絕對零度”反殺白兔。後來要求過阿多尼斯剪掉她的頭髮，但因被對方察覺是失眠後的焦慮不安而被拒絕。
白兔曾說過，她的聲音和女王多羅緹婭·格雷特一模一樣。
能夠使出愛之魔法·束縛，即是能夠讓男性迷上自己並聽從自己的命令的魔法。於31話中提到其他魔女認為多羅卡的“愛之魔法”為下賤、不潔的魔法，且多數魔女也不願與她相處。
克洛伊·摩根
阿多尼斯的師傅，擁有金色長髮的冰之魔女。收養阿多尼斯並將他扶養成人，更教授他魔法，卻因此被逐出魔女之國。本人不願談及有關出生的事情，即使對象是阿多尼斯亦是如此。
作為“偉大的魔女”，能夠製造出只有她能製造的羽毛筆(即阿多尼斯擁有的)，也因此被天啟的魔女意圖復活並加以利用，但被阿多尼斯阻止。能夠使用冰的魔法——“絕對零度”。
人類利用了魔法光子抑制裝置SDAM-2封鎖她與阿多尼斯的魔法，使他們無力還手，最後在阿多尼斯的眼前被殺。
用語介紹
利迪亞帝國(リディア)
世界頂尖的帝國，首都為Nightmare。推行超產業革命的專制國家，現任皇帝為女王多羅緹婭。
單一母子國家“奧利安索羅”(たんいっほしこっかオリオンソノー)
位於利迪亞帝國西方的國家，利迪亞帝國的附庸國之一，該國將魔女作為國家的的可消耗能源並以此驅使國家運作。
醫療國(いりようこく)
位於利迪亞帝國南方的國家，利迪亞帝國的附庸國之一，國家本體是一家醫院，擁有先進的醫療、再生和克隆技術等。該國過去曾是處決魔女的刑場。
軍產國家“米卡”(ぐんさんこっかミカ)
位於利迪亞帝國北方的重工業國家，利迪亞帝國的附庸國之一。
和鄉“鈴蓮國”(わきょうスズレぐに)
位於利迪亞帝國東方的國家，為充滿日式風情的國度，利迪亞帝國的附庸國之一。
超產業革命
利迪亞帝國為了證明人類的力量而推行的革命，導致了新科技的爆發，藉此飛躍地提升了人類文明。
魔法光子抑制裝置SDAM-2
讓魔法失效的機器，啟動後發出的梳輻射能讓人患上外照射急性輻射病。
外照射急性輻射病(ヒト細胞機能不全疾患)
因魔法光子抑制裝置SDAM-2而出現的病。參與過魔女狩獵的士兵半數以上都患上此絕症。
新·魔女之國(ルナミリア)
又稱月園。位於月球、僻靜的新魔女之國，是人類無法觸及，魔女們的家園。被阿多尼斯與人類的士兵破壞。
生命之樹(ミト)
孕育魔女的樹，魔女可利用生命之樹出生和復活。所有生命之樹都被人類破壞，最後一棵也被阿多尼斯引來的人類的士兵焚燬。
愛之魔法·束縛(愛の魔法·束縛)
多羅卡和多羅緹婭所使用的魔法。能夠讓男性迷上自己並聽從自己的命令的魔法。
絕對零度
克洛伊和阿多尼斯所使用的冰之魔法。克洛伊傳授予阿多尼斯時曾要求他只能在保護他人的時候施展這個魔法。